Коллектив был основан в 1996 году в городе Губкин Антоном Вартановым и Валерием Журавлевым. В 1999 году у Антона Вартанова и Валерия Журавлева появляется много разногласий, в итоге один из основателей покидает группу.

В 2000 году Антон Вартанов начинает запись альбома в Москве.

В 2001 году группа выпустила на REAL Records дебютную пластинку «Облака в помаде» (состоящую из ранних песен Антона), попала в ротацию «Нашего Радио» и дебютировала на фестивале «НАШЕствие». Продюсером дебютной пластинки выступил Сергей Мазаев, в качестве приглашенного музыканта в записи принял участие гитарист Юрий Цалер из «Мумий Тролля». Песни «Облака в помаде» и «В глазах» попали также на сборники «НАШЕствие». Эти две песни были поставлены в отборочный тур для «Чартовой Дюжины», но в итоге не были включены в хит-парад.

В конце 2002 года коллектив после почти годичного молчания напомнил о себе песней «Часы», сумевшей попасть в «Чартову Дюжину». В 2003 году в «Чартовой Дюжине» оказалась и песня «Мы выходим на улицу». На CD Land Records при поддержке «Нашего Радио», Радио Максимум», «Радио Европа Плюс» и «Русского Радио» была выпущена пластинка «В изумрудах». Обе песни попадают в сборники «НАШЕствие». Коллектив участвует в виртуальном фестивале «НАШЕствие-2003».

В 2004 году на «Нашем Радио» была презентована песня «Ромео и Джульетта». Вскоре во время очередного концертного тура солист группы Антон Вартанов сорвал голос, на восстановление которого потребовалось около трёх лет. Всё это время «Магнитная Аномалия» не вела концертной деятельности и не записывала альбомов. В середине 2000-х годов Вартанов сотрудничал с Евгенией Отрадной, которая стала лауреатом музыкальной премии «Золотой Граммофон» в 2008 году, и некоторыми малоизвестными рок-исполнителями. В 2008 году Вячеслав Бутусов включил песню «Магнитной Аномалии» «Солнце» в свой альбом «Модель Для Сборки».

В 2007 году группа «Магнитная Аномалия» возобновила свою деятельность, но при этом Вартанов решил отказаться от теле- и радиоэфиров, участия в фестивалях и продажи альбомов. Было решено, что коллектив будет в основном развиваться в Интернете, изредка давая концерты. Весь музыкальный материал был выложен для бесплатного скачивания на официальном сайте группы. В том же 2007 году вышел первый Интернет-альбом группы — «Солнце». В 2010 году «Магнитная Аномалия» решила издать прощальный альбом на CD, названный «На Игле» Navigator Records. Впрочем, последним диском группы стал альбом «2012 2.0», записанный в 2012 году. В конце следующего 2013 года лидер «Магнитной Аномалии» Антон Вартанов объявил о том, что группа прекращает своё существование, и уже вскоре создал сольный проект — «Я Vegan». Антон уехал из России, обосновавшись на Филиппинах.

В 2019 году Антон Вартанов объявил о восстановлении группы «Магнитная Аномалия» и начал запись нового альбома «Нулевое влияние». Альбом вышел 1 марта 2019 года.

20 ноября 2020 года вышел новый альбом «Шикарно».